Theo truyền thống của người Chăm Islam, tại mỗi Thánh đường có một Ban Quản trị (từ 05 đến 07 người) do người dân trong khu vực bầu chọn để điều hành và hướng dẫn việc sinh hoạt và thực hành các nghi thức tôn giáo. Thông thường mỗi Ban Quản trị có nhiệm kỳ là 03 năm. Đến nay, các Ban Quản trị cũ đã hết nhiệm kỳ, cộng đồng Chăm Islam ở 07 khu vực đã tiến hành bầu chọn lại các Ban Quản trị Thánh đường mới trên tinh thần công khai, dân chủ, lấy biểu quyết số đông và đã được Ban Đại diện Cộng đồng Hồi giáo Islam tây Ninh đã xem xét và ra Quyết định công nhận.