Thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật của Chính phủ, các Bộ, Ngành Trung ương quy định, hướng dẫn về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy của các cơ quan hành chính nhà nước ở địa phương; từ năm 2011-2015, tỉnh Tây Ninh đã sắp xếp, kiện toàn lại tổ chức bộ máy hành chính Nhà nước đảm bảo tinh gọn, hợp lý, không chồng chéo chức năng nhiệm vụ.
Trong 5 năm qua, Ủy ban nhân dân tỉnh đã chỉ đạo rà soát, ban hành quy định chức năng nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức bộ máy của 18 cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh và hướng dẫn UBND cấp huyện rà soát, ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn cho 12 phòng chuyên môn thuộc UBND cấp huyện theo Nghị định số 24/2014/NĐ-CP và Nghị định số 37/2014/NĐ-CP của Chính phủ.
UBND tỉnh đã chỉ đạo thực hiện rà soát, điều chỉnh các đơn vị sự nghiệp công lập để tinh gọn, tránh trùng lắp, chồng chéo nhiệm vụ. Đối với các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc tỉnh, UBND tỉnh đã giải thể Ban quản lý dự án Trung tâm tái hiện di tích lịch sử Cách mạng miền Nam tại Bời Lời; giải thể Trung tâm Xúc tiến - Đầu tư - Thương mại và Du lịch tỉnh Tây Ninh.
Các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở cũng được rà soát, sắp xếp để tinh gọn, tăng hiệu quả hoạt động. UBND tỉnh đã chuyển giao Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính từ Văn phòng UBND tỉnh sang Sở Tư pháp; kiện toàn Trung tâm Khuyến công tỉnh; giải thể Trung tâm Dịch vụ, Đào tạo nghề và Giới thiệu việc làm Khu kinh tế Tây Ninh trực thuộc Ban quản lý Khu kinh tế tỉnh; thành lập Văn phòng Đăng ký đất đai tỉnh Tây Ninh, Trung tâm Phát triển Quỹ đất trực thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường trên cơ sở hợp nhất Văn phòng Đăng ký quyền sử dụng đất, Trung tâm Phát triển Quỹ đất cấp huyện theo quy định và hướng dẫn của Trung ương.
Theo đánh giá của Sở Nội vụ, sau khi kiện toàn, sắp xếp lại tổ chức bộ máy hành chính, hầu hết các cơ quan, đơn vị hành chính, sự nghiệp đều ổn định về tổ chức, hoạt động đi vào nề nếp. Chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan chuyên môn cấp tỉnh cũng đã được xác định rõ ràng, về cơ bản đã khắc phục một phần sự chồng chéo nhiệm vụ giữa sở, ngành này với sở, ngành khác. Các đơn vị sự nghiệp công lập cũng đã được trao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc thực hiện nhiệm vụ, tổ chức lại bộ máy, có biên chế sử dụng lao động và nguồn lực tài chính.
Trên cơ sở thực hiện Nghị quyết số 08/2004/NQ-CP ngày 30/6/2004 của Chính phủ về tiếp tục đẩy mạnh phân cấp quản lý nhà nước giữa Chính phủ và chính quyền tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trên một số lĩnh vực; UBND tỉnh đã phân cấp quản lý đối với các sở, ngành, UBND các huyện, thành phố và các xã, phường, thị trấn. Các lĩnh vực phân cấp luôn được rà soát để kịp thời bổ sung, sửa đổi phù hợp với quy định của pháp luật và phù hợp thực tiễn của địa phương.